COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-27 17:00:00 36.001939 24.943281 25.690966
2020-12-26 17:00:00 30.785350 30.785350 25.336027
2020-12-25 17:00:00 28.538234 28.538234 25.084938
2020-12-24 17:00:00 23.372417 23.372417 24.799932
2020-12-23 17:00:00 21.780931 21.780931 24.507370
2020-12-22 17:00:00 24.207503 24.207503 24.258103
2020-12-21 17:00:00 25.679059 25.679059 24.041834

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-27 17:00:00 18.939394 18.939394 21.294469
2020-12-26 17:00:00 24.817518 24.817518 20.734013
2020-12-25 17:00:00 27.493917 27.493917 20.437420
2020-12-24 17:00:00 17.825739 17.825739 19.789081
2020-12-23 17:00:00 26.288660 26.288660 19.402425
2020-12-22 17:00:00 11.977716 11.977716 19.663353
2020-12-21 17:00:00 14.953271 14.953271 19.845266

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-27 17:00:00 23.684211 23.684211 17.402990
2020-12-26 17:00:00 44.642857 44.642857 17.369522
2020-12-25 17:00:00 18.956044 18.956044 16.558270
2020-12-24 17:00:00 20.889488 20.889488 15.823611
2020-12-23 17:00:00 14.754098 14.754098 15.416391
2020-12-22 17:00:00 11.382114 11.382114 14.449687
2020-12-21 17:00:00 10.917031 10.917031 13.762102

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-27 17:00:00 23.645971 12.420551 13.522357
2020-12-26 17:00:00 16.772824 16.772824 13.239837
2020-12-25 17:00:00 12.703905 12.703905 12.795918
2020-12-24 17:00:00 13.125336 13.125336 12.273486
2020-12-23 17:00:00 8.682360 14.383388 11.887598
2020-12-22 17:00:00 12.102243 12.102243 11.440697
2020-12-21 17:00:00 8.136095 15.939349 11.145586

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-27 17:00:00 31.827515 31.827515 12.300576
2020-12-26 17:00:00 24.976830 24.976830 11.821235
2020-12-25 17:00:00 8.632047 8.632047 11.745108
2020-12-24 17:00:00 8.492507 8.492507 11.384604
2020-12-23 17:00:00 22.838185 22.838185 11.286888
2020-12-22 17:00:00 80.796731 80.796731 10.894983
2020-12-21 17:00:00 8.983359 8.983359 10.631652

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-27 17:00:00 68.867418 28.571429 36.012472
2020-12-26 17:00:00 48.954558 38.627365 36.065341
2020-12-25 17:00:00 46.788385 36.658601 36.276735
2020-12-24 17:00:00 29.047210 36.623377 36.345144
2020-12-23 17:00:00 23.693599 34.711438 35.873014
2020-12-22 17:00:00 26.200676 37.001127 35.675438
2020-12-21 17:00:00 43.092728 43.092728 35.820912

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-27 17:00:00 39.669421 39.669421 33.648080
2020-12-26 17:00:00 36.245955 36.245955 31.055182
2020-12-25 17:00:00 37.897469 37.897469 31.384699
2020-12-24 17:00:00 32.259317 32.259317 31.283640
2020-12-23 17:00:00 33.311646 33.311646 31.354515
2020-12-22 17:00:00 28.940432 28.940432 31.692657
2020-12-21 17:00:00 29.683698 29.683698 31.272706

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-27 17:00:00 26.391140 26.391140 23.305554
2020-12-26 17:00:00 27.511024 27.511024 22.794649
2020-12-25 17:00:00 24.150243 24.150243 22.449981
2020-12-24 17:00:00 23.283262 23.283262 21.707289
2020-12-23 17:00:00 16.004060 16.004060 21.118948
2020-12-22 17:00:00 24.622443 24.622443 20.685097
2020-12-21 17:00:00 24.486893 24.486893 20.266159

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-27 17:00:00 24.688279 24.688279 22.764497
2020-12-26 17:00:00 31.192661 23.170732 22.743510
2020-12-25 17:00:00 36.003236 20.186084 22.843022
2020-12-24 17:00:00 29.927007 29.927007 23.571979
2020-12-23 17:00:00 23.170732 23.170732 23.769500
2020-12-22 17:00:00 17.632653 17.632653 23.805759
2020-12-21 17:00:00 36.721992 16.076294 23.816958

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-27 17:00:00 23.138034 5.175765 19.594880
2020-12-26 17:00:00 26.784523 26.784523 19.713118
2020-12-25 17:00:00 26.942793 26.942793 19.943761
2020-12-24 17:00:00 24.291202 24.291202 20.283189
2020-12-23 17:00:00 21.041830 21.041830 20.672073
2020-12-22 17:00:00 20.243491 20.243491 21.005799
2020-12-21 17:00:00 21.566402 9.819121 21.238601

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-27 17:00:00 33.456562 33.456562 12.316141
2020-12-26 17:00:00 16.220472 16.220472 12.039615
2020-12-25 17:00:00 11.912288 11.912288 11.834282
2020-12-24 17:00:00 11.382337 11.382337 11.808304
2020-12-23 17:00:00 12.474950 12.474950 11.727846
2020-12-22 17:00:00 13.161711 13.161711 11.668598
2020-12-21 17:00:00 18.222722 5.044372 11.762582

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-27 17:00:00 2.083333 0.185357 8.470919
2020-12-26 17:00:00 7.887324 7.887324 8.420200
2020-12-25 17:00:00 14.406780 14.406780 8.488838
2020-12-24 17:00:00 10.351035 16.358464 8.487830
2020-12-23 17:00:00 3.840683 3.840683 8.304145
2020-12-22 17:00:00 5.069124 1.765650 8.226785
2020-12-21 17:00:00 16.144975 16.144975 8.027674

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-27 17:00:00 24.463519 24.463519 26.474860
2020-12-26 17:00:00 -2.774566 5.321508 28.034261
2020-12-25 17:00:00 11.942257 41.887227 29.345858
2020-12-24 17:00:00 25.539568 25.539568 31.305323
2020-12-23 17:00:00 24.349442 24.349442 33.542637
2020-12-22 17:00:00 27.419355 27.419355 34.814939
2020-12-21 17:00:00 33.858268 33.858268 37.177228

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-27 17:00:00 82.692308 82.692308 46.378043
2020-12-26 17:00:00 33.972603 33.972603 44.108017
2020-12-25 17:00:00 68.750000 68.750000 44.174263
2020-12-24 17:00:00 68.194842 68.194842 42.439915
2020-12-23 17:00:00 27.351916 27.351916 42.543456
2020-12-22 17:00:00 48.571429 48.571429 41.577842
2020-12-21 17:00:00 21.532847 21.532847 41.530421

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-27 17:00:00 29.690461 29.690461 30.721660
2020-12-26 17:00:00 34.577114 34.577114 30.327892
2020-12-25 17:00:00 39.361224 39.361224 30.765773
2020-12-24 17:00:00 30.036942 30.036942 28.781255
2020-12-23 17:00:00 30.155139 30.155139 27.000087
2020-12-22 17:00:00 19.941133 19.941133 25.387926
2020-12-21 17:00:00 27.191811 27.191811 24.334592

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-27 17:00:00 14.313472 53.983161 32.787491
2020-12-26 17:00:00 63.477246 63.477246 32.245266
2020-12-25 17:00:00 63.544940 63.544940 31.778767
2020-12-24 17:00:00 35.893648 23.190547 31.018366
2020-12-23 17:00:00 19.966087 19.966087 30.598087
2020-12-22 17:00:00 22.937942 22.937942 29.488411
2020-12-21 17:00:00 32.150143 32.150143 28.884705

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-27 17:00:00 10.526316 10.526316 9.499274
2020-12-26 17:00:00 8.257757 8.257757 9.601716
2020-12-25 17:00:00 12.390185 12.390185 9.387145
2020-12-24 17:00:00 8.999456 8.999456 9.240305
2020-12-23 17:00:00 7.025333 7.025333 9.124290
2020-12-22 17:00:00 7.461476 7.461476 8.997374
2020-12-21 17:00:00 14.768772 14.768772 8.994056

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-27 17:00:00 19.802555 19.802555 17.523748
2020-12-26 17:00:00 13.474610 17.951043 17.611826
2020-12-25 17:00:00 17.081851 17.081851 17.404873
2020-12-24 17:00:00 17.741265 17.741265 17.241484
2020-12-23 17:00:00 16.044070 16.044070 17.132236
2020-12-22 17:00:00 17.399766 17.399766 17.182929
2020-12-21 17:00:00 16.971081 16.971081 17.245686

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-27 17:00:00 14.654616 14.654616 13.025581
2020-12-26 17:00:00 21.213720 11.046991 13.009290
2020-12-25 17:00:00 16.106148 16.106148 13.019654
2020-12-24 17:00:00 15.471283 15.471283 13.114202
2020-12-23 17:00:00 10.786015 10.786015 13.104218
2020-12-22 17:00:00 10.582192 10.582192 13.077305
2020-12-21 17:00:00 21.023256 12.368313 13.203739

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-27 17:00:00 10.778443 10.778443 14.777694
2020-12-26 17:00:00 11.805556 11.805556 15.139793
2020-12-25 17:00:00 26.697353 26.697353 15.116091
2020-12-24 17:00:00 16.013344 16.013344 15.209528
2020-12-23 17:00:00 15.668663 15.668663 15.233591
2020-12-22 17:00:00 9.982487 9.982487 15.097603
2020-12-21 17:00:00 102.500000 4.415724 14.695875

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-27 17:00:00 21.600000 21.600000 20.556575
2020-12-26 17:00:00 58.536585 58.536585 19.480906
2020-12-25 17:00:00 33.333333 33.333333 19.314681
2020-12-24 17:00:00 26.717557 17.557252 18.672438
2020-12-23 17:00:00 7.586207 7.586207 18.346646
2020-12-22 17:00:00 20.000000 20.000000 18.081087
2020-12-21 17:00:00 9.183673 9.183673 17.843362

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-27 17:00:00 81.469727 81.469727 68.433437
2020-12-26 17:00:00 45.255605 45.255605 67.657845
2020-12-25 17:00:00 125.281320 89.909977 67.791204
2020-12-24 17:00:00 63.233355 63.233355 68.051028
2020-12-23 17:00:00 64.273406 64.273406 68.021560
2020-12-22 17:00:00 64.870554 64.870554 67.794240
2020-12-21 17:00:00 74.395161 74.395161 68.213056

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 18.939394 18.939394 21.294469
Basilicata 23.684211 23.684211 17.402990
Calabria 23.645971 12.420551 13.522357
Campania 31.827515 31.827515 12.300576
Emilia-Romagna 68.867418 28.571429 36.012472
Friuli Venezia Giulia 39.669421 39.669421 33.648080
Lazio 26.391140 26.391140 23.305554
Liguria 24.688279 24.688279 22.764497
Lombardia 23.138034 5.175765 19.594880
Marche 33.456562 33.456562 12.316141
Molise 2.083333 0.185357 8.470919
P.A. Bolzano 24.463519 24.463519 26.474860
P.A. Trento 82.692308 82.692308 46.378043
Piemonte 29.690461 29.690461 30.721660
Puglia 14.313472 53.983161 32.787491
Sardegna 10.526316 10.526316 9.499274
Sicilia 19.802555 19.802555 17.523748
Toscana 14.654616 14.654616 13.025581
Umbria 10.778443 10.778443 14.777694
Valle d'Aosta 21.600000 21.600000 20.556575
Veneto 81.469727 81.469727 68.433437

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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